La storia vede il protagonista Ryo Takatsuki e i ragazzi che frequentano una scuola vivere una vita tranquilla, ma appena arrivano dei nuovi compagni iniziano le prime incomprensioni e le prime sfide. Dopo che il gruppo si solidifica arrivano diversi nemici sempre più potenti fino a scoprire che i protagonisti posseggono delle qualità straordinarie e vi sono alcuni decisi a tutti pur di ucciderli. I loro nemici sono il gruppo dell'Egrigori che avevano in passato creato tutte le Arms. I ragazzi comprendono che fino a quando esiste tale organizzazione non potranno mai vivere la vita normale di prima e dedcidono di combatterla.
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