La narrazione ruota attorno al protagonista Battosai Himura (parzialmente basato sul personaggio storico dell'hitokiri Kawakami Gensai), spietato assassino, che a metà 1800 contribuì alla fine dello Shogunato dei Tokugawa, sul trono da 200 anni, e all'avvento dell'epoca Meiji. In seguito all'insediamento del nuovo governo, Battosai scompare per tornare sotto nuovo nome: Kenshin. Ora viaggia con una "sakabato" (la lama della katana, con un solo filo, anziché essere rivolta verso l'avversario, risiede sul lato opposto), e il suo obiettivo sta nel proteggere le persone che incontra dalle ingiustizie. Nel suo viaggio, Kenshin si troverà coinvolto in combattimenti con samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada) e in complotti che cercano di restaurare la vecchia società feudale.
Kenshin,samurai vagabondo - Memorie del passato
(Precede gli avvenimenti della serie Tv)
OAV 01 Il tagliatore di uomini
OAV 03 Villaggio di montagna al crepuscolo
OAV 04 Una ferita a forma di croce
Kenshin il vagabondo - Capitolo del tempo
(Si svolge dopo gli avvenimenti della serie Tv)
OAV 01 Una promessa da mantenere
OAV 02 Insieme..per sempre